Мутации врозь: ПЦР-тесты научились отличать «Омикрон» от «Дельты»
В Роспотребнадзоре разработан тест, который позволит быстро выяснить, каким штаммом SARS-CoV-2 заражен пациент. По шести мутациям система отличит «Омикрон» от «Дельты» и выдаст результат максимум через пять часов после получения образца. Эксперты отмечают, что такой тест необходим для мониторинга эпидемиологической обстановки. Новая разработка будет использоваться как лабораторная методика и не будет проходить регистрацию как коммерческое медицинское изделие, сообщают разработчики.
Разделяй и властвуй
Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора (ЦНИИЭ) разработал новую методику, способную быстро определить, каким штаммом коронавируса — «Омикроном» или «Дельтой» — болен человек. Сравнение идет сразу по шести мутациям патогена.
В декабре ВОЗ отнесла «Омикрон» к вызывающим озабоченность вариантам SARS-CoV-2. В организации отметили повышенную скорость его распространения, более высокий риск тяжелого течения заболевания и пониженную восприимчивость к антителам. Поэтому понимать, каким именно штаммом заражены больные, важно для улучшения мониторинга распространения новой версии коронавируса.
Разработка ученых ЦНИИЭ представляет собой набор реагентов для определения отдельных мутаций S-белка вариантов «Омикрон» и «Дельта» методом ПЦР в реальном времени. Тест включает в себя праймеры и зонды — короткие фрагменты одноцепочечной ДНК. Они подобраны таким образом, чтобы взаимодействовать в пробирке с генетическим материалом коронавируса только при условии полного совпадения последовательностей. Каждая пара праймеров и зонда несет в себе либо мутацию геноварианта «Дельта», либо мутацию «Омикрона». Если система срабатывает, значит, в генетическом материале эта конкретная мутация есть.
Основу процесса исследования составляет метод ПЦР в реальном времени, который зарекомендовал себя как очень быстрый и чувствительный способ, подчеркивают в Роспотребнадзоре.
Набор включает в себя две мутации, характерные для «Дельты», и четыре — для «Омикрона». Такое большое число мишеней (участков, которые нужно определить. — «Известия») необходимо для повышения точности скрининга этих опасных штаммов, пояснили специалисты.
— Основное преимущество нашей разработки — скорость и возможность использования в любой лаборатории, работающей с ПЦР, — сообщила руководитель научной группы генной инженерии и биотехнологии ЦНИИЭ Анна Черкашина. — С момента поступления образцов в клиническую лабораторию и до получения ответа проходит не более пяти часов. Альтернатива нашему тесту — процесс секвенирования — занимает от 30 до 60 часов и требует специального оборудования, расходных материалов и специально обученных сотрудников.
Недостаток теста ПЦР в том, что он дает информацию только о наличии или отсутствии короткого списка конкретных мутаций. В процессе секвенирования (прочтения генома вируса. — «Известия») специалисты получают гораздо больше информации о генетической последовательности вируса. Однако он требует больше времени и стоит гораздо дороже ПЦР. Также секвенирование дает возможность определить и другие варианты SARS-Cov-2, а не только «Омикрон» и «Дельту». Однако в условиях быстрого распространения нового штамма необходимы и более простые методы его обнаружения.
С помощью новой разработки уже протестировано более 600 клинических образцов. Их удалось разделить на варианты «Дельта» и «Омикрон» с высокой точностью. В процессе тестирования методики ее точность составила более 99% — этот результат подтвердили, проверив результаты тестов ПЦР с помощью секвенирования.
— Использование ПЦР-методики не исключает последующего секвенирования с целью окончательной верификации данных о найденных мутациях, — отметил руководитель научной группы разработки новых методов выявления генетических полиморфизмов ЦНИИ эпидемиологии Константин Миронов.
Увидел — победил
Новый метод — простой, быстрый и недорогой, подчеркивают в Роспотребнадзоре. Он позволит быстро отличить «Омикрон» от «Дельты» и предпринять необходимые меры, чтобы не допустить распространения опасного штамма. Причем использовать метод можно в тех лабораториях, где нет специального оборудования для секвенирование. Ученые подчеркивают, что на данном этапе разработка будет
использоваться только как лабораторная методика и не будет регистрироваться как коммерческое медицинское изделие.
Хотя тесты ПЦР сильно уступают в точности выявления конкретных штаммов, метод может найти применение в части научных исследований, рассказали «Известиям» опрошенные эксперты.
— Единственным достоверным способом выявления мутаций в геноме коронавируса является секвенирование. Генотипирование методом ПЦР может использоваться только для ориентировочного определения какого-либо из штаммов, — считает руководитель медицинской онлайн-лаборатории Lab4U Валерий Саванович.
Исходя из описания, представляется, что данная разработка может быть полезна в период высокой распространенности штамма «Омикрон» в стационарах и поликлиниках, считает директор департамента медицинского маркетинга группы компаний «Инвитро» Татьяна Понкратова.
— Лечащий врач сможет, исходя из результата исследования, определить степень «заразности» пациента и применить необходимые меры для предотвращения распространения инфекции, — отметила специалист.
При этом Понкратова подчеркнула, что информация о штамме имеет весьма скромную пользу для самого пациента в отрыве от рекомендаций лечащего врача.
— Выявление у пациента какого-либо из VOC-вариантов в соответствии с существующими клиническими рекомендациями не влияет на тактику лечения, — подтвердил Валерий Сававнович.
Директор по лабораторным технологиям лаборатории «Гемотест» Тамара Силкина отметила, что ЦНИИЭ Роспотребнадзора — организация, которая обязана контролировать эпидемиологическую ситуацию в стране. Для этого и нужно разрабатывать методики быстрого определения опасных штаммов. По ее мнению, новая система поможет контролировать процесс распространения инфекции.
Как рассказали в Роспотребнадзоре, методика, разработанная учеными ЦНИИЭ, уже используется с декабря 2021 года для проведения скрининговых исследований поступающих образцов. В настоящее время планируется передать протокол и необходимые реагенты для проведения таких исследований на места в региональные научные организации Роспотребнадзора, сообщили «Известиям» в ведомстве.
