Приговор профессору Бабкину был оглашен в среду в одиннадцать утра. Следуя новому УПК, судья не стала зачитывать его полностью, а лишь огласила результативную часть - "... признан виновным и приговаривается к восьми годам лишения свободы..." Учитывая возраст ученого и различные смягчающие обстоятельства, судья решила сделать наказание условным с испытательным сроком 5 лет. Помимо этого, профессора Бабкина лишили звания "Заслуженный деятель науки", а также запретили в течение трех лет заниматься профессиональной деятельностью в высших учебных заведениях страны. Иск же, предъявленный ученому ВМФ России (флот требует с Бабкина компенсацию в более чем 26 миллионов рублей), судья постановила выделить в отдельное гражданское производство.
Несмотря на два недавних инфаркта, приговор суда профессор Бабкин выслушал стойко, а на импровизированной пресс-конференции заявил, что стал жертвой политических игр. Адвокат же осужденного Виктор Данильченко сообщил, что приговор скорее всего будет обжалован в Верховном суде. Он заявил "Известиям", что в действиях Анатолия Бабкина не было никакого состава преступления - он действовал исключительно в рамках соглашения о научном сотрудничестве между МГТУ и Пенсильванским университетом, интересы которого в России представлял отставной офицер разведки ВМФ США Эдмонд Поуп. Представитель гособвинения старший прокурор Илья Ерохин в ответ заявил, что профессор воспользовался халатностью ряда руководящих работников университета, ответственных за международные связи и сохранность секретности. С их попустительства сотрудничество Бабкина и Поупа из научно-технического переросло в военно-техническое. По словам прокурора, эти лица избежали уголовной ответственности только из-за давности события преступления. Илья Ерохин также заявил "Известиям", что теперь сожалеет о том, что потребовал для подсудимого слишком мягкого наказания - ниже низшего предела, предусмотренного законом. Он также не исключил и того, что Генпрокуратура подаст кассационную жалобу и опротестует решение суда.
Как отмечают эксперты, несмотря на обвинительный приговор, ФСБ не удалось в полной мере доказать виновность профессора - из государственной измены обвинение было переквалифицировано в шпионаж. Дело в том, что из материалов технического наблюдения, имеющихся в распоряжении ФСБ, следует, что Бабкин взялся предоставить Эдмонду Поупу информацию о технологии изготовления твердотопливного заряда для двигательной установки ракето-торпеды "Шквал", в то время как сам он не имел доступа к подобным данным. Ранее профессор передавал американцу отчеты о расчетах рабочего процесса в двигателе, одним из разработчиков которого он был. По данным ФСБ, за подробное описание технологии изготовления топлива Анатолию Бабкину было обещано 20 тысяч долларов, в то время как за пять предыдущих отчетов профессор получил около 40 тысяч долларов ($25 тысяч Эдмонд Поуп перевел легально через МГТУ и еще 14 тысяч наличными вручил лично Бабкину). Чтобы получить необходимую информацию, по данным следствия, Бабкин, воспользовавшись своим авторитетом и рабочими контактами, связался со специалистами, которые предоставили коллеге соответствующие материалы. Однако сделка не состоялась - сотрудники ФСБ задержали партнеров по научному сотрудничеству. Эдмонд Поуп был осужден на 20 лет, а вскоре амнистирован президентом.