Первым приговором, который был вынесен в июле 1999 года, Пасько был признан виновным в превышении служебных полномочий. Обе стороны опротестовали этот вердикт в Верховном суде. Пасько настаивает на полном оправдании. По версии журналиста, дело инспирировано ФСБ за его экологические материалы. Прокуратура же утверждает, что доказательств шпионажа журналиста достаточно, и потому требует осуждения по обвинению в государственной измене. По версии следствия Пасько виновен в передаче гражданам Японии 10 документов, составляющих гостайну. В частности, говорится о схеме режимной части, которая, как доказала экспертиза, была начерчена карандашом лично Григорием Пасько.
По мнению юристов, о крепких позициях обвинения косвенно свидетельствует и определение Военной коллегии: если бы доказательств вины Пасько было недостаточно или следствие было проведено неквалифицированно, то дело вернули бы на доследование, а не в суд. В случае признания Пасько виновным в государственной измене в форме шпионажа ему грозит наказание в виде лишения свободы на срок от 12 до 20 лет с конфискацией имущества.