Примерили штаммы: как в России выявляют «Стелс-Омикрон»
Российские тесты способны выявить РНК коронавируса при заражении вариантом «Стелс-Омикрон», который ряд зарубежных исследователей назвали плохо отличимым при ПРЦ-диагностике. Об этом «Известиям» сообщили в ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора. Там также рассказали, что уже разработали методику, позволяющую определить три линии «Омикрона»: BA.1, BA.2 и BA.3. Пока что на подвид «Стелс» приходится не больше 3% исследованных образцов коронавируса, рассказали ученые.
Увидеть «невидимку»
Одна из ключевых особенностей линии «Омикрона» BA.2, которая получила название «Стелс-Омикрон» (от англ. stealth — невидимка), — то, что она плохо отличима от «Дельты» при использовании ПЦР-тестов. Однако, как сообщил «Известиям» руководитель научной группы разработки новых методов диагностики на основе технологий секвенирования ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора Камиль Хафизов, большинство тестов на основе ПЦР всё равно будут выявлять наличие РНК вируса и в этом смысле они остаются эффективными.
— Мы уже неоднократно говорили, что большая часть мутаций «Омикрона» находятся в гене S-белка, а тесты обычно нацелены на другие части генома патогена, и по этой причине поводов для особых беспокойств нет. Тест-системы производства нашего института уже прошли проверку, и за них мы можем ручаться, — рассказал специалист в разговоре с «Известиями».
По его словам, в России случаи BA.2 регистрируются с начала января 2022 года и на данный момент его доля — около 3% по результатам данных в базе VGARus. В ЦНИИ эпидемиологии подчеркнули, что для человека с респираторными клиническими проявлениями важно определить наличие или отсутствие в организме коронавируса и своевременно начать лечение. А знание, какой именно геновариант вируса присутствует у заболевшего, не влияет на течение заболевания и его последующее лечение.
— Необходимость определения конкретных штаммов SARS-CoV-2 обусловлена проведением эпидемиологического анализа с целью контроля за циркулированием штаммов и их изменчивостью, а также прогноза заболеваемости. В связи с этим анализируется 10% проб по случайной выборке, — отметили в ЦНИИ эпидемиологии.
Поймать по трем мутациям
Основные проблемы детекции штамма-«невидимки» связаны с тестами, которые выявляют коронавирус по фрагментам S-белка. Ранее индийские ученые опубликовали препринт исследования, в котором рассказали, что «Омикрон» в таком случае выявляется благодаря ошибке, которая происходит при сравнении одного из трех праймеров теста с участком S-белка, отсутствующим у этого штамма. Однако у субварианта ВА.2 нет этого пропуска, поэтому при тестировании его нельзя отличить от «Дельты» и других вариантов. Ученые из Индии обнаружили одинаковую делецию ERS31-33, но не в S-, а в N-белке у ВА.1 и ВА.2, которая также выдает ошибку при ПЦР-тестировании, поэтому ее можно использовать для быстрого выявления обоих подвидов.
— Авторы статьи определили, что в подтвержденных секвенированием образцах, содержащих «Омикрон»-вариант коронавируса, в стандартной ПЦР не амплифицируется (не накапливаются копии) ген N, и предлагают использовать этот подход для диагностики «Стелс-Омикрона», — пояснила врач клинико-лабораторной диагностики Lab4U Екатерина Гергесова. — Тем не менее отсутствие этого процесса выявлялось нами при использовании соответствующего набора реагентов, зарегистрированного и разрешенного к использованию на территории РФ, еще в 2020 году, когда об «Омикроне» никто не знал. Поэтому выдвинутая авторами гипотеза, на мой взгляд, требует серьезного экспериментального подтверждения.
Что касается российских тестов, то в ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора уже разработана новая лабораторная методика, направленная на определение трех линий штамма «Омикрон»: BA.1, BA.2 и BA.3. Это набор праймеров и зондов для детекции двух мутаций геновариантов «Дельта» и четырех мутаций геноварианта «Омикрон». При этом при определении одной из ключевых мутаций N501Y для штамма «Омикрон» есть возможность дифференциации линий BA.1 и ВА.2 по трем мутациям (del69-70, del143-145 и ins214). А чтобы отличать линию BA.1 от BA.3, требуется дополнительная разработка, которой сейчас занимаются ученые.
Однако проблемой при массовом тестировании может стать то, что в целом российские лаборатории в основном используют ПЦР-тесты, нацеленные на одну мишень вируса, отметил ученый-генетик Дмитрий Прусс.
— Это чревато проблемами как от мутаций, так и при обработке образцов похуже качеством. И то и другое является реальной проблемой во времена «Омикрона», когда мутаций в геноме стало очень много, а объем тестирования настолько вырос, что лаборатории могут просто не успеть обработать образцы, пока они еще свежие, — подчеркнул он.
Фактор распространения
Линию, получившую название «Стелс-Омикрон», впервые обнаружили в начале этого года в ряде европейских стран. Этот вариант получил широкое распространение в Дании, Норвегии, Швеции. Доля ВА.2 растет в структуре заболеваемости в Индии, Великобритании, США, рассказала «Известиям» руководитель научной группы генной инженерии и биотехнологии ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора Анна Черкашина.
По ее словам, судя по ситуации в странах, где ВА.2 циркулирует уже несколько недель, можно сказать, что данный вариант является более заразным, чем ВА.1. Однако нет никаких данных, свидетельствующих о повышенной опасности этой подлинии «Омикрона», — более частых рисков госпитализации, тяжелого течения или увеличения доли негативных исходов.
— Мы осуществляем мониторинг за циркулирующими вариантами SARS-CoV-2, проводя секвенирование и генотипирование в режиме 24/7. В нашей стране геновариант ВА.2 также выявляется, но его доля в настоящее время крайне незначительна — по нашим оценкам, это единичные проценты от общего количества изученного материала, — рассказала Анна Черкашина.
Она добавила, что «Стелс-Омикрон» не доминирует ни в одном из регионов России и специалисты не наблюдают активного распространения этой сублинии.
