Ученые СПбГУ создали модуль для расшифровки генома коронавируса
Специалисты центра алгоритмической биотехнологии Санкт-Петербургского государственного университета (СПбГУ) создали модуль для расшифровки генома коронавируса. Об этом говорится в сообщении, опубликованном 6 июля на сайте вуза.
Разработка получила название coronaSPAdes. Она позволяет собирать геномы РНК-вирусов, и в первую очередь коронавирусов. Модуль представляет собой специальный режим сборщика SPAdes (Saint Petersburg Assembler), который позволяет производить расшифровку геномов живых организмов, в том числе и вирусов.
«Дело в том, что биологи до сих пор не умеют читать геномы так же, как мы читаем книгу: от начала и до конца. Вместо этого они «прочитывают» небольшие фрагменты, которые потом собирают в полный текст. Поэтому сборка генома мало чем отличается от сборки пазла из миллиона частей», — отметили в вузе.
Модуль coronaSPAdes учитывает особенности данных секвенирования РНК, а также реализует уникальные алгоритмические решения, нацеленные на улучшение восстановления последовательности генома коронавирусов.
По предварительным данным, с помощью coronaSPAdes уже удалось восстановить последовательности геномов ранее неизвестных коронавирусов. При этом подходы, используемые модулем, могут быть задействованы в дальнейшем для создания новых сборщиков.
Накануне стало известно, что ученые из 32 стран призвали Всемирную организацию здравоохранения (ВОЗ) признать передачу коронавируса через мельчайшие частицы в воздухe значительным фактором распространения инфекции.
