Нейросеть поможет улучшить вакцины от коронавируса и гриппа
Исследователи из группы «Биоинформатика» Института искусственного интеллекта AIRI создали программу, которая укажет на участки связывания антител с белками вирусов и бактерий. Ее название — SEMA (Spatial Epitope Modelling with Artificial Intelligence — пространственное моделирование эпитопов с помощью искусственного интеллекта).
Эпитопами называются привлекательные для антител участки на поверхности вируса, своеобразные «посадочные площадки» для антител.
Белки для анализа загружают в программу в виде аминокислотной последовательности или 3D-структуры. SEMA оценивает, какие аминокислотные остатки этого белка формируют эпитопы, и насколько вероятно их взаимодействие с антителами. В дальнейшем эта информация может использоваться при выборе наиболее перспективных фрагментов белка для включения в состав вакцины, а также для поиска новых терапевтических антител.
«На сегодняшний день разработан ряд разрозненных инструментов для изучения белков в контексте их взаимодействия с антителами. Мы стараемся создать удобную платформу для исследования белков с применением современных моделей ИИ, текущая версия SEMA является её началом, например, у нее есть удобный для биологов веб-интерфейс с визуализацией», — рассказала «Известиям» старший научный сотрудник AIRI Татьяна Шашкова.
Она добавила, что получение и объединение результатов работы с данными инструментами представляет большую сложность и занимает много времени у исследователей.
Ученые считают, что инструмент будет полезен биотехнологическим институтам и компаниям, работающим над созданием вакцин и препаратов для терапии вирусных и бактериальных заболеваний. Разработка инструмента велась в тесном контакте с учеными из Центра имени Гамалеи.
Исследователи из AIRI продолжают работу над расширением функционала программы.
Подробнее читайте в эксклюзивном материале «Известий»:
Опознать антитело: нейросеть поможет улучшить вакцину от коронавируса
